Quartu deriva il proprio nome dalla distanza che in età, romana la separava dal centro di Cagliari, lungo la strada orientale, trovandosi cioè in coincidenza (Quarto ab urbe lapide) con la quarta pietra miliare.
   Un'usanza che ha riguardato altri centri come Sestu, Settimo e Decimo. Stando alla leggenda, sarebbe stato l'eroe tebano Jolao, sbarcato nell'isola ed attratto dalla fertilità della terra, a fondare il primo nucleo.
   Le prime traccie che assicurano la presenza umana rimandano all'era preistorica, come testimoniano alcuni ritrovamenti effettuati nell'area del viale Colombo e di Is Arenas, fra lo stagno di Molentargius e le saline dove sono state rinvenute traccie di piccoli villaggi. Resti di un nuraghe si trovano non lontano da Terra Mala.
   Del periodo romano resta poco o nulla; persino la pietra miliare, "sa perda mulla", è andata distrutta qualche decennio fa, mentre resistono i resti, semisommersi dalle acque, di quella che all'epoca dovette essere una splendida villa nel litorale di Sant'Andrea, prima di giungere a Flumini.
   Il problema delle continue incursioni delle flotte musulmane, portò nel 1070 l'allora Giudice di Cagliari Torchitorio I a donare all'arcivescovo di Cagliari le due ville di Quarto Josso e Santa Maria di Paradiso per ingraziarsi la Chiesa e soprattutto le due potenze marinare, Pisa e Genova.
   Di fatto, Quarto sopravvisse, tanto che già dal 25 agosto 1327, con l'ingresso definitivo degli Aragonesi a Cagliari e la sconfitta dei Pisani, si trova inserita nei limiti dell'agro cagliaritano con tre qualifiche: Quarto Suso (che alcuni ritengono sia Quartucciu), Quarto donnico e Quarto josso, che invece rappresenterebbero la vera Quartu.
   Il 1500 ed il 1600 trascorsero tra violenti attacchi barbareschi, epidemie, carestie e invasioni di locuste che decimarono, quando non distrussero, molti centri.
   Nel 1793, Quartu fu anche teatro dello sbarco e della sconfitta, ad opera delle milizie sarde, delle truppe francesi al comando dell'ammiraglio Truguet, approdate nel litorale di Sant'Andrea all'altezza della torre di difesa, costruita per l'occasione, con l'intento di cacciare i Savoia dall'isola.
   Ma le carestie, le pestolenze e le guerre, non impedirono a Quarto di crescere e divenire, già nell'Ottocento, una dellepiù popolose ville isolane; nel 1801 contava 3.853 anime e soltanto 45 anni dopo, addiritura 6.266.
   Nel 1862 al nome Quarto, fu aggiunto "Sant'Elena", distinguendolo così da Quarto Ligure.
   Con la ricostruzione nel secondo dopoguerra e la successiva rapida espansione di Cagliari con il boom economico, Quartu divenne meta principale per l'acquisto di prime o seconde case, trasformandosi da centro agricolo ad area fortemente interessata dal fenomeno edilizio.