La storia di Maracalagonis è indubbiamente remota. Le traccie più antiche testimoniano la presenza umana fin dal prenuragico, come mostra la tomba scavata nel tufo in località Colle Craboni a circa un chilometro dal paese, e del nuragico con le torri "Matta Manna" e "Bruncu Ollasteddu".
   Del periodo punico costituiscono invece testimonianza magnifica le due statue raffiguranti il dio Bes (I sec. a.C.), una divinità, egizia importata dai Cartaginesi, mentre nuovi scavi sono stati avviati in località Sirigraxius.
   Il paese deriva l'attuale nome dai due antichi centri centri di Mara e Calagonis, nomi sulla cui origine ancora si discute. Secondo alcuni, Mara, potrebbe essere di derivazione fenicia. A riprova, l'esistenza in Sardegna di altri due centri denominati Mara: Villamar, chiamata anticamente Mara Arbarei, e Mara nei pressi di Pozzomaggiore.
   Lungo le rotte commerciali i Fenici creavano borghi chiamati appunto "Mara", con funzioni di aree di vendita dei propri prodotti. Calagonis potrebbe aver invece origine greca e significare "bella insenatura".
   Altri sostengono invece che le voci Mara e Calagonis derivino dai termini semiti Hamara e Chalaca che significano "palude" e "luogo fertile", a rispecchiare le caratteristiche delle due aree.
   Un primo nucleo abitato dovette esserci già prima dell'82 d.C., se si pensa che in quella data fu martirizzato Santo Stefano. Il paese di Calagonis si sviluppò, in epoca bizantina, proprio attorno del martirio (pochi chilometri fuori dal centro abitato) dove fu edificata una splendida basilica dedicata al santo, di cui oggi esistono solo pochi ruderi.
   Calagonis, che, come ricorda padre Angius, aveva un tempo primeggiato tra i centri limitrofi, "cadde per un ignoto destino". Ma nel frattempo era stata Mara ad imporsi. L'unificazione dei due centri avvenne intorno alla metà del XIV secolo.
   Del lungo e storico diverbio con gli abitanti di Sinnai, diverbio nato nei primi anni del 1600 e trascinatosi per oltre due secoli, i maresi offrono una loro versione dei fatti. Gli scontri sarebbero iniziati dopo l'arrivo a Sinnai di un gruppo di pastori barbaricini. I continui furti di bestiame ai danni dei pastori di Mara, che i barbaricini effettuavano per dare prova di coraggio, scatenò la guerra che fece parecchi morti, l'ultimo dei quali un sinnaese intorno al 1930.
   È ancora padre Angius a parlarci del paese nei primi dell'Ottocento. Importante fu a lungo uno stagno frequentato da anatre e fenicotteri e popolato da anguille, rinomate quanto e forse più di quelle della valle del Comacchio se, come pare, furono gli stessi regnanti spagnoli a richiederle.
   L'economia era di tipo agropastorale e, fra gli altri prodotti, celebri furono i pomodori dal leggero gusto salato dovuto all'acqua salmastra con cui venivano irrigati i campi. Uno dei vanti del paese è da sempre costituito dai vigneti. Dall'ottima ed abbondante uva si producono, oltre ai vini da tavola, quelli da dessert fra cui Nasco, Malvasia, Girò e Moscato. Sopravvive l'artigianato con i cestinai, gli intagliatori del legno e i maestri ferrai.